主要的不同在于氧化性杀菌剂对水中还原性物质具有氧化作用，受还原性物质影响较大；非氧化性杀菌剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致作用于微生物的特殊部件，不受还原物质影响；氧化性杀菌剂具有杀菌灭藻速度快、广谱性高、处理费用低等特点；而非氧化性杀菌灭藻剂杀生作用持久，有渗透、剥离作用，但容易引起环境污染。